2009年4月下旬－5月上旬，院结合建设部全国轨道交通安全生产监督检查，自查了在建的设计项目12段线39个子项，勘察项目5段线26个子项，外地项目10段线41个子项，未发现重大问题。共有上海及外地4个项目通过了建设部组织的全国轨道交通安全生产监督检查。